Den ældste del af kirken er fra 1100-tallet, men vi ved meget lidt om de første år. I 1309 blev kirken givet til munkene i Ringsted kloster på den betingelse, at de sørgede for at holde årlige sjælemesser for biskoppen og hans efterfølgere. Det at være i besiddelse af en kirke var en god indtægtskilde, for sognebørnene skulle betale tiende, det vil sige skat til kirken. Tiendeindtægten blev delt i tre, en del til biskoppen, en til kirkens vedligeholdelse og den sidste del til aflønning af præst. Klosteret varetog selv messerne, og sparede derved præstelønnen, som så kunne gå til klosteret. En rum tid efter reformationen blev dette påtalt af Roskildebispen i 1567 og i 1574 blev Kværkeby henlagt som anneks under Benløse. Dog skulle der oprettes en præstegård. I 1665 blev sognet selvstændigt med hensyn til den kirkelige betjening, men allerede i 1687 blev Kværkeby anneks til Vigersted sogn. Hermed kom begge pastoratets kirker under Bolle Luxdorph, Sørup gods. I 1796 kom kirken administrativt under Rosengården i Kværkeby, hvor den forblev indtil 1915.

Kirken har 140 siddepladser, men har oprindelig ikke været så stor. Den er i senmiddelalderen blevet udvidet med kirketårn, kor og våbenhus. De tværliggende træbjælker over døren til våbenhuset mod syd er stadig synlige, ligeledes mod nord, hvor den gamle kvindeindgang var.

I dag ejes kirken af Folkekirkens medlemmer