Slaglille Kirke blev bygget engang først i 1100-tallet i den daværende landsby, som hed Slauløsa Litlæ, oprindelig betydning måske lille indhegnet område.
Modsat mange af vore romanske kirker kender vi her kirkens bygherre, der var Trued Litle, der formodentlig tilhørte den kreds af stormænd, der er kendt som Hvideslægten, og som stod bag opførelsen af andre kirker her på egnen. Kort efter kirkens opførelse blev den overdraget til Sorø Kloster sammen med store godsmængder.
Klostret skilte sig ret hurtigt af med Slaglille Kirke og i løbet af de næste 200 år var den ejet af forskellige, bl.a. biskoppen i Roskilde. I begyndelsen af 1400-tallet kom kirken igen til Sorø Kloster.
Sorø Skole (senere Sorø Akademi) overtog kirken omkring år 1600 og den forblev i Akademiets eje indtil 1930, hvor den blev selvejende og derefter overgik til Folkekirken.